در حالیکه دیتاسنترها پیچیدهترین زیرساختها را در اختیار دارند، اما با چالشهای متعددی هم مواجهاند. مثلا امنیت، بزرگترین مشکل یک دیتاسنتر است. هر بخشی از یک دیتاسنتر، از زیرساخت آن گرفته تا شبکه، پلتفرم و سرویسها در معرض انواع تهدیدات امنیتی داخلی و خارجی هستند. ضمن آنکه خود دیتای دیتاسنترها در معرض انواع تهدیدات هکری، افشاء اطلاعات و غیره هستند.
جدای از سختی مدیریت و نگهداری از یک دیتاسنتر در زمینه مسائل فنی، در اختیارداشتن نیروی فنی خبره برای نگهداری از سختافزار و نرمافزارهای دیتاسنتر، مسالهای مهم برای مدیران دیتاسنتر است.
